Dans l'académie de Cross, il y a deux classes différentes : la « Day Class », la classe de jour et la « Night Class », la classe de nuit. Les jeunes filles de la « Day Class » sont follement amoureuses des garçons de la « Night Class », tous d'une beauté irrésistible. Elles ne les connaissent que très peu, car en réalité, ces garçons sont un groupe de vampiresnobles mené par leur chef Kaname, un sang-pur.

La jeune Yûki et l'énigmatique Zero sont chargés de discipline, ayant pour mission d'assurer la paix entre vampires et humains à l'académie et ce dans le plus grand secret. Beaucoup de mystères entourent les vampires et leur camarade Zero, trop souvent distant. Quant à Yûki, c'est une jeune fille assez sentimentale, entretenant une très grande admiration et reconnaissance envers Kaname qui, il y a dix ans de cela, lui a sauvé la vie d'un vampire.

Plus tard, Yûki apprend que Zero est devenu un vampire après qu'un sang-pur, Shizuka Hiô, l'a mordu. Yûki donnera ensuite, de temps en temps, à Zero de son sang afin d'apaiser sa soif car il risque de devenir un Level E. Cependant, Yûki n'est pas au courant de tout jusqu'au jour où elle retrouve la mémoire et comprend qu'elle est en fait, la sœur de Kaname et la princesse du clan Kuran. Choqué par cette nouvelle, Zero décide d'éliminer Yûki et tous les vampires. Celle-ci n'est pas surprise et lui explique qu'elle est prête à partir et à vivre avec Kaname. Puis, Kaname et Yûki partent de l'Académie acompagné de Hanabusa Akastuki et Ruka sous les yeux de Zero...